Từ đầu năm 2020, dòng chảy từ thượng nguồn sông Mekong đổ về thấp hơn 20 - 45% so với mức bình thường. Đến tháng 3, mực nước thậm chí thấp hơn 5 - 20% so với cùng kì năm kỷ lục 2016. Ở ranh mặn cao 4g/lít, phạm vi xâm nhập mặn sâu trên các sông: Cửa Tiểu, Cửa Đại, Hàm Luông, Cổ Chiên, Cái Lớn và sông Hậu là từ 50 - 70 km. Riêng sông Vàm Cỏ Đông, Vàm Cỏ Tây, xâm nhập mặn sâu lên tới 90 - 110 km. Tỉnh Bến Tre ngập mặn hoàn toàn.
Tình trạng xâm ngập mặn có thế kéo dài đến cuối tháng 4/2020. Hạn mặn đã làm cho 10/13 tỉnh ĐBSCL trở nên thiếu nước ngọt trầm trọng. Bến Tre, Tiền Giang, Long An, Kiên Giang, Cà Mau là các tỉnh phải công bố tình trạng hạn mặn ảnh hưởng nghiêm trọng. Diện tích xâm nhập mặn tự nhiên lên tới 1,8 triệu ha, với khoảng 120.000 hộ dân bị thiếu nước sinh hoạt.
Sau hội nghị về hạn hán, xâm nhập mặn với 5 tỉnh công bố hạn mặn hồi tháng 3/2020, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã đồng ý gói hỗ trợ cho 5 tỉnh, mỗi tỉnh 70 tỷ đồng để các tỉnh sắp xếp công tác nạo vét, đào ao, xây trạm cống, làm đường ống, mua sắm các thiết lọc nước và trữ nước. Bộ NN&PTNT đã yêu cầu UBND các tỉnh và thành phố vùng ĐBSCL phải giám sát độ mặn tại các cửa sông để vận hành đóng mở cống, công trình thủy lợi cho phù hợp, tranh thủ trữ nước khi nồng độ mặn xuống thấp, lấy nước sinh hoạt và sản xuất nông nghiệp. Ở các vùng có ảnh hưởng xâm nhập mặn cao thì hoãn tổ chức xuống giống vụ hè thu để tránh thiệt hại, chuyển đổi cơ cấu cây trồng và tổ chức trồng các giống lúa chất lượng cao, chịu mặn tốt.
Hàng ngàn chuyến tàu chở nước được mang từ TP. HCM, Bà Rịa - Vũng Tàu, Đồng Tháp, Vĩnh Long về Bến Tre, Tiền Giang, Long An để giải khát cho người dân và cây trồng. UBND tỉnh Tiền Giang đã chi 37 tỷ đồng để mua nước từ Đồng Tháp về để cứu vườn cây ăn trái của người dân. Có 67 vòi nước công cộng và 48 điểm lấy nước được bố trí ở huyện Gò Công Đông, Gò Công Tây, Tân Phú Đông cho người dân lấy nước sinh hoạt. Những vùng xa xôi thì lắp đặt máy lọc nước cho người dân thuận tiện hơn.
Cùng với đó là sự chia sẻ chung tay từ cộng đồng, nhiều mạnh thường quân và người dân cả nước đã quyên góp tặng máy lọc nước, nước miễn phí cho bà con vùng chịu hạn mặn.